La rencontre de ce volume d'eau avec la mer provoque parfois un phénomène unique, appelé "Pororoca", qui est la formation d'une série de vagues immenses qui peuvent atteindre jusqu'à 12 mètres de haut. L 'Amazone est navigable pour des navires de haute mer sur tout le territoire brésilien, et jusqu'à 3 885 km en amont, à la hauteur de la ville d'Iquitos au Pérou.

Le système fluvial Paraná-Paraguay-Uruguay couvre la région qui s'étend de l'État du Mato-Grosso, au centre-ouest du pays, vers le sud-ouest et le sud, jusqu'à atteindre l'Atlantique par le Rio de la Plata près de Buenos Aires. Ce système est, après celui de l'Amazone, le deuxième plus grand de la planète.

Le São Francisco est le plus grand des fleuves situés entièrement au Brésil. Il prend sa source, comme le Paraná et le Tocantins, dans le plateau central. Il coule sur 3 161 km, d'abord vers le nord, avant de tourner ensuite vers l'est jusqu'à l'Atlantique. La partie supérieure du São Francisco est, dans certaines régions, navigable

Fleuve Paraguay

pour des bateaux fluviaux et sur son cours inférieur, à partir du barrage de Paulo Afonso, les derniers 277 km étant navigables pour des navires de haute mer.

Au Brésil il n'y a pas de grands lacs, mais par contre il existe, au centre-ouest du pays, une immense région marécageuse qui couvre près de 230 000 km2 et qui est inondée pendant la saison des pluies : c'est le Pantanal.